Archiv Kanceláře prezidenta republiky spravuje 23 archivních souborů o rozsahu bezmála 1 500 běžných metrů. Jejich aktuální přehled se základními informacemi o jejich obsahu je k dispozici také na Národním archivním portálu.

Kmenovým a nejrozsáhlejším souborem je fond Kancelář prezidenta republiky, v němž jsou  se nacházejí dokumenty československých a českých prezidentů a jejich úřadu od roku 1918. Forma a obsah těchto dokumentů vyplývá nejen z dobových ústavních pravomocí prezidenta republiky, ale i z jedinečné osobnosti každého z nich a tehdejší pozice prezidenta a jeho úřadu v politickém systému a ve společnosti. Ve fondu nalezneme dokumenty ke jmenování vlád, vyslanců, soudců, vysokoškolských profesorů a vysokých státních úředníků, dokumenty spojené s udělováním milostí ve věcech trestních, s propůjčováním a udělováním státních vyznamenání, podepisováním zákonů atd. Kromě dokumentů adresovaných Kanceláři prezidenta republiky a jednotlivým prezidentům od jiných ústavních činitelů, úřadů, institucí, organizací a profesních a zájmových korporací jsou ve fondu dokumenty doručené od představitelů jiných států a zahraničních a domácích osobností politického, hospodářského, kulturního, uměleckého a společenského života. K neméně zajímavým dokumentům patří korespondence adresovaná prezidentům od jednotlivých občanů – jedná se o různé žádosti, stížnosti, rezoluce, memoranda a jiná sdělení. Díky zásadnímu významu prezidenta republiky v ústavním systému a ve společnosti se v dokumentech jeho úřadu nacházejí informace k řadě různých událostí, problémů a oblastí politického, společenského, kulturního a hospodářského vývoje a jejich využití je tedy velmi široké.

Z dalších významných archivních souborů uložených v Archivu KPR je vhodné jmenovat fondy Londýnský archiv, Národní soud (z období Protektorátu Čechy a Morava), fondy Lesní správy Lány a Správy Zámku Lány, osobní fondy vedoucích KPR Přemysla Šámala, Jiřího Havelky, Augusta Adolfa Popelky a Jaromíra Smutného nebo sbírky fotografií, novinových výstřižků, vyznamenání a odňatých a vrácených vyznamenání.

Mezi nejcennější archiválie uložené v Archivu KPR, které si pro svůj historický význam zaslouží samostatné zmínky, patří např. Výnos Vůdce a říšského kancléře Adolfa Hitlera o zřízení Protektorátu Čechy a Morava ze dne 16. 3. 1939, politická poslední vůle státního prezidenta Emila Háchy sepsaná dne 18. 9. 1943, prohlášení české šlechty ze září 1939 nebo vzorek měsíční horniny s československou státní vlajkou přivezený americkými astronauty z mise Apollo 17 a darovaný v roce 1973 československému lidu prezidentem USA Richardem Nixonem.

Archivní fondy: 

• Kancelář prezidenta republiky (KPR), (1630) 1919–dosud (částečně přístupný)
• Národní soud (NS), 1939–1942
• Nadace Olgy Havlové (NOH), 1989–1992
• Londýnský archiv (LA), 1940–1945
• Lesní správa Lány (LSL), (1905) 1921–1969 (částečně přístupný)
• Správa zámku Lány (SZL), 1921–1961 (částečně přístupný)
• Závodní výbor ROH KPR (ZV), 1954–1990 (nepřístupný)
• Nadace Václava Havla pro rozvoj Pražského hradu (NVH), 1992–1997 (nepřístupný)
• Šámal Přemysl, JUDr. (PŠ), 1914–1938
• Havelka Jiří, Doc. JUDr. (JH), 1938–1939
• Popelka August Adolf, JUDr. (AP), 1921–1945
• Smutný Jaromír, JUDr. (JS), 1939–1948
• Škarvan František, JUDr. (FŠ), 1931–1945
• Sýkora Václav, JUDr. (VS), 1938–1948
• Frick Wilhelm (WF), 1936–1945 (částečně přístupný)
• Kruliš Vladimír, Mgr., 2011–2013 (nepřístupný)

Archivní sbírky:

• Sbírka fotografií (SF), 1918–dosud (částečně přístupný)
• Sbírka novinových výstřižků (SNV), 1920–1998
• Sbírka filmů (SKF), 2006–2010
• Sbírka vyznamenání (SV), 1922–1992
• Sbírka odňatých a vrácených vyznamenání (SOV), (1928) 1962–2011
• Sbírka tisků (ST), 1937–1938
• Sbírka dokumentace (varií) (SVA), 1919–dosud (částečně přístupný)