Archivu Kanceláře prezidenta republiky je svěřeno do péče 23 archivních souborů o rozsahu bezmála 1 500 běžných metrů. Kmenovým a nejrozsáhlejším souborem je fond Kancelář prezidenta republiky, v němž jsou trvale uchovávány dokumenty československých a českých prezidentů republiky a jejich úřadu od roku 1918. Z dalších významných archivních souborů je vhodné jmenovat fondy Londýnský archiv, Národní soud (z období Protektorátu Čechy a Morava), fondy Lesní správy Lány a Správy Zámku Lány, osobní fondy vedoucích KPR Přemysla Šámala, Jiřího Havelky, Augusta Adolfa Popelky a Jaromíra Smutného nebo sbírky fotografií, novinových výstřižků, vyznamenání a odňatých a vrácených vyznamenání.